A formação do cavalo Mangalarga Marchador teve a sua origem no Sul de Minas Gerais, na Fazenda Campo Alegre, sediada no município de Baependi. Gabriel Francisco Junqueira, conhecido como o Barão de Alfenas , foi o proprietário da Fazenda Campo Alegre, onde nasceu em 1782 e faleceu em 1869. no ano de 1812, o Barão de Alfenas recebeu como presente do príncipe Regente D. João VI , um cavalo da raça Alter ( procedente da Coudelaria Alter do Chão, em Portugal ), de nome "Sublime", usando-o para fins de cruzamento com suas éguas crioulas. os produtos resultantes deste cruzamento constituíram a base dos primeiros cavalos Mangalarga Marchadores.

O cavalo Alter Real é de origem Andaluziana , sendo bastante semelhante em aparência ao cavalo Andaluz, com a diferença de ser um pouco mais refinado em suas linhas gerais. em 1812 Portugal foi invadido pelos franceses, liderados por Napoleão Bonaparte. Inúmeras fazendas de criação de cavalos da raça Alter , inclusive a própria Coudelaria Alter do Chão, foram saqueadas. Nos anos subseqüentes, os cavalos Alter remanescentes no país foram cruzados com diversas raças cavalares, principalmente com a raça Árabe. no início do século XX , o sangue Andaluziano foi reintroduzido na raça, restabelecendo o tipo original.

O cavalo "Sublime", marco inicial da raça Mangalarga Marchador , veio para o Brasil antes da invasão francesa em Portugal e, portanto, era um puro exemplar da raça Alter . Quanto às éguas brasileiras nativas, estas foram originadas dos primeiros animais introduzidos no Brasil pelos colonizadores , sendo a maioria de sangue Berbere e Andaluz . Outro fato histórico a ser lembrado é que os cavalos Berbere e Libianos foram levados para a Espanha , onde passaram por cruzamentos sucessivos com indivíduos da raça Andaluz , dando formação aos famosos cavalos conhecidos como " Ginetes Espanhóis ", os primeiros cavalos introduzidos na América do Sul pelos conquistadores. E alguns destes exemplares já apresentavam naquela época um andamento mais cômodo, o qual poderia ser denominado de " trote macio " .

Desde o início dos trabalhos de sua seleção, Gabriel Francisco Junqueira levou em consideração o andamento cômodo, a resistência, rusticidade e o brio dos animais de sua criação. Naquela época, como o cavalo era o único meio de transporte, a notícia da existência de cavalos de andamento cômodo na Fazenda Campo Alegre despertou um grande interesse em todo o Sul do Estado de Minas e vários criadores adquiriram animais do Barão de Alfenas.

De acordo com estudos, a versão mais sensata quanto á origem do nome Mangalarga é que o mesmo procede da " Fazenda Mangalarga ", localizada em Pati do Alferes, no Estado do Rio de Janeiro. Os donos daquela fazenda somente compravam os seus cavalos no Sul de Minas, e quando iam á Corte Real, no Rio de Janeiro, pelo caminho chamavam a atenção pela elegância e beleza de seus cavalos e de imediato surgiam as perguntas: Quem eram os cavaleiros e cavalos? E a resposta vinha logo: Eram os donos da Fazenda Mangalarga . Assim, quando os compradores iam ao Sul de Minas pediam cavalos Mangalarga , isto é, iguais aos da Fazenda Mangalarga .